16S rRNA遺伝子アンプリコンシークエンスが、野生のラットの人獣共通感染症の細菌の検出に使用できるかどうかを検証した。
研究者らは、野生のブラウンラットとブラックラットの腎臓サンプルのDNAを用い、16S rRNA遺伝子アンプリコンシークエンシングを実施。
その結果、人獣共通感染症の可能性がある14の細菌属の存在が示され、PCRまたはサンガーシークエンスによってLeptospira属とBartonella tribocorumの存在が確認された。
Streptococcus、Mycoplasma、Leptospiraは、全サンプルの65%以上で優勢な分類群であった。
VirCapSeqシーケンスでは、3匹のラットから人獣共通感染症の可能性があるラットE型肝炎ウイルスが検出された。
16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンスには限界があるものの、野生動物における人獣共通感染症の可能性のある細菌を検出するための事前スクリーニング法としての可能性があると結論付けている。
de Cock M, Fonville M, de Vries A, Bossers A, van den Bogert B, Hakze-van der Honing R, Koets A, Sprong H, van der Poel W, Maas M. Screen the unforeseen: Microbiome-profiling for detection of zoonotic pathogens in wild rats. Transbound Emerg Dis. 2022 Nov;69(6):3881-3895. doi: 10.1111/tbed.14759. Epub 2022 Nov 30. PMID: 36404584.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36404584/